ChEBI
小さな化合物を対象とした化学種のデータベース・オントロジー
ChEBI[1][2](Chemical Entities of Biological Interest)は、小さな化合物を対象とした化学種のデータベース、オントロジーであり、Open Biomedical Ontologiesの取組の一部である。「化学種」という用語は、「構造的または同位体的に区別される原子、分子、イオン、イオン対、ラジカル、ラジカルイオン、錯体、配座異性体等」を意味する[3]。生理活性を持つものは、天然化合物であるか合成物であるかも記載される。核酸、タンパク質、タンパク質分解によって生成するペプチドのようにゲノムによって直接コードされる分子については、原則としてChEBIには収録されない。
| 内容 | |
|---|---|
| 説明 | 化学データベース |
| キャプチャデータ | 生物学的に興味のある化学種 |
| コンタクト | |
| 研究拠点 | 欧州分子生物学研究所 |
| 研究所 |
.svg){kind=small} 欧州バイオインフォマティクス研究所 |
| 主要引用 | [1] |
| アクセス | |
| ウェブサイト | ChEBI |
| ダウンロードURL | Downloads |
| WebサービスURL | Web Service |
| SPARQL終点 | BIO2RDF |
| ツール | |
| ウェブ | ChEBI Website |
| その他 | |
| データ公開頻度 | 毎月 |
| キュレーション ポリシー | 手動 |
ChEBIは、国際純正・応用化学連合及び国際生化学・分子生物学連合の命名委員会による名前、記号、分類を用いている。
スコープとアクセス
編集データベース内の全てのデータは、無所有権であるか無所有権の情報源に由来するものである。そのため、誰でも無料でアクセスすることができる。さらに、それぞれのデータは完全に追跡可能であり、出典と完全に紐づいている。
関連項目
編集出典
編集- ^ a b De Matos, P.; Alcantara, R.; Dekker, A.; Ennis, M.; Hastings, J.; Haug, K.; Spiteri, I.; Turner, S. et al. (2009). “Chemical Entities of Biological Interest: An update”. Nucleic Acids Research 38 (Database issue): D249-54. doi:10.1093/nar/gkp886. PMC 2808869. PMID 19854951.
- ^ Degtyarenko, K.; De Matos, P.; Ennis, M.; Hastings, J.; Zbinden, M.; McNaught, A.; Alcantara, R.; Darsow, M. et al. (2007). “ChEBI: A database and ontology for chemical entities of biological interest”. Nucleic Acids Research 36 (Database issue): D344-50. doi:10.1093/nar/gkm791. PMC 2238832. PMID 17932057.
- ^ IUPAC, Compendium of Chemical Terminology, 2nd ed. (the "Gold Book") (1997). オンライン版: (2006-) "molecular entity".