CAZy
CAZyは、糖質関連酵素（Carbohydrate-Active enZymes）のデータベースである[1]。CAZyは糖質の生合成、代謝、輸送に関与する酵素の分類に関する情報が主体であり、GenBankなどの配列情報やRCSBの立体構造データへのリンクがある。CAZyには糖質加水分解酵素（Glycoside Hydrolases、GH）、糖転移酵素（GlycosylTransferases、GT）、多糖リアーゼ（Polysaccharide Lyases、PL）、炭水化物エステラーゼ（Carbohydrate Esterases、CE）の酵素群のほか、糖結合モジュール（Carbohydrate-Binding Modules、CBM）が分類されている。
分類法
編集CAZyは、ベルナール・アンリサが糖質加水分解酵素のアミノ酸配列の相同性がある、つまり進化的に近い関係にある酵素をファミリーとして分類することを提唱したものである[2][3]。2012年までに糖質加水分解酵素は131のファミリーに分類されている。ファミリーには番号が振られており、「GH1、GH2、・・・、GH131」というように略記する（GH21、GH40、GH41、GH60、GH69は削除されている）。また、立体構造の類似性に基づく上位階級であるクラン（clan）も存在し、14つのクラン（GH-A、GH-B、・・・GH-N）がある。糖転移酵素は94ファミリー（GT1～GT94）[4]、多糖リアーゼは22ファミリー（PL1～PL21）[5]、炭水化物エステラーゼは16ファミリー（CE1～CE16）、糖結合モジュールは64ファミリー（CBM1～CBM64）に分類されている。 これらの中にはサブファミリーとしてさらに細かく分類されているものもある。
参考文献
編集- ^ Cantarel BL, Coutinho PM, Rancurel C, Bernard T, Lombard V, Henrissat B (January 2009). “The Carbohydrate-Active EnZymes database (CAZy): an expert resource for Glycogenomics”. Nucleic Acids Res. 37 (Database issue): D233–8. doi:10.1093/nar/gkn663. PMC 2686590. PMID 18838391.
- ^ “A classification of glycosyl hydrolases based on amino acid sequence similarities”. Biochem. J. 280 ( Pt 2): 309–16. (December 1991). PMC 1130547. PMID 1747104.
- ^ “Structural and sequence-based classification of glycoside hydrolases”. Curr. Opin. Struct. Biol. 7 (5): 637–44. (October 1997). PMID 9345621.
- ^ “An evolving hierarchical family classification for glycosyltransferases”. J. Mol. Biol. 328 (2): 307–17. (April 2003). PMID 12691742.
- ^ “A hierarchical classification of polysaccharide lyases for glycogenomics”. Biochem. J. 432 (3): 437–44. (December 2010). doi:10.1042/BJ20101185. PMID 20925655.
外部リンク
編集- “CAZy - Carbohydrate-Active enZYmes Database”. Architecture et Fonction des Macromolécules Biologiques, CNRS,Université de Provence Université de la Méditerranée. 2012年11月6日閲覧。
- “CAZypedia”. The Encyclopedia of Carbohydrate-Active Enzymes. 2012年11月6日閲覧。