藤原 清主（ふじわら の きよぬし、生没年不詳）は、奈良時代から平安時代初期にかけての貴族。名は浄主とも記される。藤原南家、参議・藤原巨勢麻呂の孫。従五位下・藤原瀧麿の子。官位は正五位下・左馬頭。
桓武朝の延暦5年（786年）従五位下に叙爵する。その後、延暦10年（791年）丹波介、延暦15年（796年）内厩頭に任ぜられている。
従五位上に昇叙されたのち、平城朝の大同3年（808年）左馬頭に任官し、大同4年（809年）正五位下に至る。
『六国史』による。
『尊卑分脈』による。
