北港郡(ほっこうぐん)は、日本統治時代の台湾に存在した行政区画の一つであり、台南州に属した。
北港街、元長庄、四湖庄、口湖庄、水林庄の1街4庄を管轄し、郡役所は北港街に置かれた。郡域は現在の雲林県北港鎮、元長郷、四湖郷、口湖郷、水林郷に当たる。
1945年3月に重慶国民政府が策定した台湾接管計画綱要地方政制により虎尾郡と合併し、北港県とする案があったが、政制の廃止により計画は消滅した。