長崎原爆遺跡(ながさきげんばくいせき)は、長崎県長崎市にある、同市に投下された原子爆弾の被害を伝える遺跡群。国の史跡に指定されている。
2013年(平成25年)8月1日に「長崎原爆遺跡(旧城山国民学校校舎)」など4件が国の登録記念物に登録された[1]。2016年(平成28年)10月3日にはこれら4件に「爆心地」(平和公園の一部)を加えて国の史跡に指定された[2]。被爆遺構の史跡指定は、広島市の原爆ドームに次ぐものとなった[3]。