呼吸色素(こきゅうしきそ)とは生体内で呼吸に関与する色素の総称である。ヘモグロビンなど動物の血液中で酸素を運搬する色素を指して呼吸色素と言うことが多いが、それ以外にミオグロビンのように組織内で酸素貯蔵に働くもの、シトクロムのように酸化還元により電子伝達を行うものなど様々なものを含める表現である。