門 (分類学)

生物の分類における階級の一つで、phylumの訳語
上門から転送)

(もん、: phylum, division複数形: phyla: phylum, divisio)は、生物分類リンネ式階層分類における基本的分類階級のひとつであり、またその階級に属するタクソンのことである。生物全体はおよそ100の門に分類されているが、この数字は分類学者によって大きく異なる。の下・の上に位置しており、門の下に亜門(あもん、: subphylum, subdivision)を置く場合もある。

位置

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門はリンネが『自然の体系』で用いた分類階級ではなく、19世紀以降に綱をさらにグループ化する階級として導入された。必要に応じて(界)・亜界・下界・上枝・・亜枝・下枝・上門・(門・亜門)・下門・上綱・(綱)などを適宜使う。

後生動物では慣例的に、基本的な体制が共通しているタクソンが門とされ、約30の門に分類されている。たとえば、ヒト脊索動物門に属する。

呼称

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従来、英語などでは門を、動物学では phylum と呼び、植物学では国際植物命名規約(現在の国際藻類・菌類・植物命名規約)に基づき division と呼んだ。東京規約(国際植物命名規約の1994年の版)から、植物学でも phylum と呼ぶことが認められたが、現在でも division と呼ぶことが多い。

植物学の命名規約では1905年のウィーン規則以来divisionと呼んでいたが、藻類や菌類は原生動物と密接な関係があり、同じ階級に対して複数の用語が使われる煩わしさが指摘されていた。これを動物学で用いられているphylumに統一しようという提案は1974年にはじめてなされ、以降数回にわたって国際植物学会議における議題に上がっているが、様々な理由から可決されなかった。その1つには、過去にphylumdivisionを同時に別の階級として利用した例があり、その扱いが考慮されていないというものがあった。またphylumは系統関係を強く示唆する語であって階級の名としては相応しくない、わざわざ動物学の不適切な用語に合わせる必要はないというものもあった[1][2]。最終的に1993年の東京会議で、phylumdivisionを等価なものとしてどちらも利用可能とし、仮に同時に別の階級として利用した場合には既存の規定通り正式発表されたと見なさない、とする変更が可決された[3][4]

phylum の語源はギリシア語の phylai で、原義は古代ギリシアの都市国家において血縁に基づき決められた投票グループのことである。ヘッケルGenerelle Morphologie der Organismen (1866) で導入した語であるが、概念としてはキュヴィエが用いた embranchement「分岐」と同義である。division の原義は「分ける」である。

命名法

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門・亜門に対する命名法は一般にあまり強く規制されていない。国際藻類・菌類・植物命名規約国際動物命名規約国際原核生物命名規約のいずれでも、優先権を必ずしも守る必要がなく、タイプの名前を元にして作る必要もない。国際藻類・菌類・植物命名規約では、タイプの名前を元にして命名する場合には属名を元にして語尾を統一することが規定されているが、説明的な名前の場合にはその必要はない。なお、植物学では上門・下門はほとんど使われない。国際動物命名規約や国際原核生物命名規約にはそもそも門以上の階級に対する規定はないため統一語尾は存在しないが、慣例的にほとんどは -a で終わり、とくに動物は -zoa、細菌は -bacteria、古細菌は -archaeota が多い。国際原核生物命名規約では、2015年と2018年に門に対する規定の提案が提出されており[5]、タイプの語幹に語尾 -otaを付ける(綱名が -bacteria の場合は -bacteriota となる)ことが提案されている[6]

ウイルスには現在のところ門・亜門などの階級は存在しない。

門名の語尾
階級 陸上植物 藻類 菌類 細菌 動物
-phyta -mycota

亜門 -phytina -mycotina

一覧

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真核生物ドメイン

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真核生物ドメイン(Domain Eukarya)の門(phylum)一覧。

動物界

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動物界(Kingdom Animalia)の門(phylum)一覧。

上位分類
(亜界・上門)
胚発生 特徴 代表例 種類
海綿動物門(Porifera 無胚葉 器官が
明確には
分化せず
内壁に多くの穴(孔)を持つ カイメンカイロウドウケツ 5000以上
平板動物門(Placozoa 平板 センモウヒラムシ 1
真正
後生
動物
刺胞動物門(Cnidaria 2胚葉 消化管
出入口が
同じ
刺胞cnidocyte)を持つ クラゲサンゴ 約11000
有櫛動物門(Ctenophora 8列の櫛板(櫛板列)を持つ クシクラゲ 約100
左右
相称
動物
旧口
動物
冠輪
動物
扁形動物門(Platyhelminthes 3胚葉 扁形 プラナリアキュウチュウサナダムシ 約25000
無腸動物門(Acoelomorpha 器官退化? 無腸 ナイカイムチョウウズムシ 約400
菱形動物門(Rhombozoa 1つの軸細胞が繊毛細胞に囲まれている ニハイチュウ 75
直泳動物門(Orthonectida 生殖細胞などを繊毛が囲んでいる キリオキンクタ 約20
紐形動物門(Nemertea 消化管
出口と
入口を
持つ
紐状 ヒモムシ 約1200
顎口動物門(Gnathostomulida クチクラ性の固い顎 ハプログナチア 約100
腹毛動物門(Gastrotricha 腹部の2本の粘着腺 イタチムシオビムシ 約700
輪形動物門(Rotifera ゴブレット(杯)型の胴体、触手冠 ワムシ 約2000
内肛動物門(Entoprocta 触手冠の内側にある肛門 スズコケムシ 約150
外肛動物門(Bryozoa 触手冠、群体、多形化 チゴケムシコケムシ 約8000
箒虫動物門(Phoronida 口の周囲の触手冠、U字型の消化管 ホウキムシ 11
腕足動物門(Brachiopoda 肉茎触手冠 ホオズキガイシャミセンガイ 約300
星口動物門(Sipuncula 陥入吻 ホシムシ 約250
ユムシ動物門(Echiura スプーン状の口吻 ユムシ 約140
毛顎動物門(Chaetognatha クチクラ質で細長い ヤムシ 約100
有輪動物門(Cycliophora 袋状の胴体と、繊毛で覆われた円形の口(繊毛冠) シンビオン 3以上
微顎動物門(Micrognathozoa アコーディオン状の胴体 リムノグナシア 1
環形動物門(Annelida 環状の体節 ミミズゴカイ 17000以上
軟体動物門(Mollusca 筋肉質の軟体と外套膜 貝類イカタコ 約112000
脱皮
動物
線形動物門(Nematoda 線形 回虫 80000以上
類線形動物門(Nematomorpha 線形動物に似た生態 ハリガネムシ 約320
鰓曳動物門(Priapulida 円筒状 エラヒキムシ 16
胴甲動物門(Loricifera 胴部の殻、傘のような付属肢 コウラムシ 約120
動吻動物門(Kinorhyncha 計11の体節 トゲカワ 約150
緩歩動物門(Tardigrada 頭部1つと胴体4つの体節 クマムシ 1000以上
有爪動物門(Onychophora キチンクチクラ)質の爪 カギムシ 約200
節足動物門(Arthropoda キチンクチクラ)質の外骨格による体節 昆虫類甲殻類 1134000以上
新口動物 珍渦虫動物門 (Xenoturbellida) 繊毛に覆われた後口動物 チンウズムシ 6
棘皮動物門(Echinodermata 棘皮を持つ ウニヒトデクモヒトデナマコ 約7000
半索動物門(Hemichordata 口盲管半索)を持つ ギボシムシ 約100
脊索動物門(Chordata 脊索脊椎を持つ ホヤ脊椎動物 100000以上

植物界

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植物界(Kingdom Plantae)の門(division)一覧。

上位分類
(亜界)
門(従来版)
アーケ
プラスチダ

Archae-
plastida
紅色植物門 Rhodophyta 真正紅藻綱 Florideophyceaeなど
イデユコゴメ綱 Cyanidiophyceae
灰色植物門 Glaucophyta
緑色
植物
亜界

Viridi-
plantae
緑藻植物門
Chlorophyta
緑藻綱 Chlorophyceae
トレボウクシア藻綱 Trebouxiophyceae
アオサ藻綱 Ulvophyceae
プラシノ藻綱 (ペディノ藻、クロロデンドロン藻、ミクロモナス藻)
ストレプト植物
Streptophyta
車軸藻綱 Charophyceae接合藻綱Zygnematophyceae、等
陸上植物
(有胚植物)
Embryophyta
ゼニゴケ植物門苔類Marchantiophyta
マゴケ植物門蘚類Bryophyta
ツノゴケ植物門Anthocerotophyta
維管束
植物

Tracheo-
phyta
ヒカゲノカズラ植物門 Lycopodiophyta
真葉植物
Euphyllo-
phyta
シダ植物門 Pteridophyta
種子植物
Spermato-
phyta
裸子植物門 Gymnospermae
被子植物門 Angiospermae

菌界

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菌界Kingdom Fungi)の門(phylum)一覧。

原生生物界

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原生生物界Kingdom Protista)の門(phylum)一覧。

古細菌(アーキア)ドメイン

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古細菌(アーキア)ドメイン(Domain Archaea)の門(phylum)一覧。

上位分類
(界・上門)
細胞機構等 特徴 代表例 種類
ユーリ古細菌界
Euryarchaeota
ユーリ古細菌
Euryarchaeota
Zリングによる細胞分裂 DNAPolD,BI 9綱を含み多様 Pyrococcus furiosus, Halobacterium salinarum, Methanobrevibacter smithii, Thermoplasma acidophilum 539
DPANN群またはユーリ古細菌界 ナノ古細菌
Nanoarchaeota
Zリングによる細胞分裂 寄生性 Nanobdella aerobiophila 1
プロテオ古細菌界
Proteoarchaeota
クレン古細菌
Crenarchaeota
ESCRT複合体による細胞分裂 DNAPolBI,BII、RNApolG 大半が好熱菌 Sulfolobus acidocaldarius, Pyrobaculum islandicum 69
タウム古細菌
Thaumarchaeota
ESCRT複合体による細胞分裂 DNAPolBII,D、TopIB 中温性が多い。大半は亜硝酸菌で残りも好気性菌が占める。 Nitrososphaera viennensis, Nitrosopumilus maritimus 6

他に記載種を含まないものとして10門以上

細菌(バクテリア)ドメイン

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細菌(バクテリア)ドメイン(Domain Bacteria)の門(phylum)一覧。

上位分類
グラム染色 特徴 代表例 種類
真正細菌
Bacteria
FCB フィブロバクター門
Fibrobacteres
外膜あり グラム陰性 6
クロロビウム門
Chlorobi
緑色硫黄細菌 17
バクテロイデス門
Bacteroides
2344
ゲンマティモナス門
Gemmatimonadetes
4
PVC プランクトミケス門
Planctomycetes
核膜様構造。ペプチドグリカン欠損。TtsZ欠損 106
ウェルコミクロビウム門
Verrucomicrobia
核膜様構造 61
クラミジア門
Chlamydiae
ペプチドグリカン欠損。FtsZ欠損。ATP合成酵素を欠損し、寄生性。 クラミジア・トラコマチス 15
レンティスファエラ門
Lentisphaerae
核膜様構造 6
アキドバクテリウム門
Acidobacteria
62
アクウィフェクス門
Aquificae
16S rRNA系統解析において、真正細菌の中でも早くに分岐したとされる。好気性菌が多い。好熱性は真正細菌の中で最も高い。 30
カルディセリクム門
Caldiserica
3
クリシオゲネス門
Chrysiogenetes
4
デフェリバクター門
Deferribacteres
12
ディクチオグロムス門
Dictyoglomi
2
エルシミクロビウム門
Elusimicrobia
2
フソバクテリウム門
Fusobacteria
48
ニトロスピラ門
Nitrospira
10
プロテオバクテリア門
Proteobacteria
大腸菌 7068
スピロヘータ門
Spirochetes
細いらせん状、鞭毛が菌体内に存在する特徴がある。 梅毒トレポネーマ 194
シネルギステス門
Synergistetes
28
サーモデスルフォバクテリウム門
Thermodesulfobacteria
12
テルモトガ門
Thermotogae
16S rRNA系統解析において、真正細菌の中でも早くに分岐したとされる。嫌気性。好熱性が高い。 Thermotoga maritima 52







シアノバクテリア門
Cyanobacteria
酸素発生型光合成細菌。一部の種はシストを形成する。 ユレモ 2654
※ICN準拠
他はICNB準拠
※2008年現在
アルマティモナス門
Armatimonadetes
好気化学合成従属栄養の小群。 4
デイノコックス・テルムス門
Deinococcus-Thermus
系統による 放射性耐性菌や好熱菌を含む。 Deinococcus radiodurans 127
クロロフレクサス門
Chloroflexi
外膜無し リポ多糖を含む外膜を欠く。一部は出芽胞子を形成する。 緑色非硫黄細菌 54
マイコプラズマ門
Mycoplasmatota
グラム陰性 細胞壁を欠く。 223
放線菌門
Actinobacteria
グラム陽性 多くはいわゆる放線菌で、好気環境に生息し気菌糸と分節胞子を形成する。GC含量が55%以上のものが多い。 ビフィズス菌結核菌 4107
フィルミクテス門
Firmicutes
内性胞子を形成する種が多い。GC含量が放線菌に比べ低く、25~55%のものが多い。 枯草菌 3251

参考文献

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  1. ^ Thomas & Raven (1986). “(258) Proposal to Substitute the Term "Phylum" for "Division" in Art. 3.1 and Elsewhere in the Code”. Taxon 35 (4): 842-843. doi:10.2307/1221673. 
  2. ^ Greuter et al. (1989). “Report on Botanical Nomenclature: Berlin 1987. XIV International Botanical Congress, Berlin: Nomenclature Section, 20 to 24 Juli 1987”. Englera 9: 34-36. doi:10.2307/3776740. 
  3. ^ Hawksworth, D.L. (1993). “(245-259) Fifteen Miscellaneous Proposals Towards the Evolution of a "Code" Appropriate to the Needs of the 21st Century”. Taxon 42 (1): 156-162. doi:10.2307/1223328. 
  4. ^ Greuter et al. (1994). “Report on Botanical Nomenclature: Yokohama 1993. XV International Botanical Congress, Tokyo: Nomenclature Section, 23 to 27 August 1993”. Englera 14: 38-39. doi:10.2307/3776762. 
  5. ^ Oren et al. (2015). “Proposal to include the rank of phylum in the International Code of Nomenclature of Prokaryotes”. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 65 (11): 4284–4287. doi:10.1099/ijsem.0.000664. 
  6. ^ Whitman et al. (2018). “Proposal of the suffix –ota to denote phyla. Addendum to ‘Proposal to include the rank of phylum in the International Code of Nomenclature of Prokaryotes’”. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 68 (3): 967–969. doi:10.1099/ijsem.0.002593. 

関連項目

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