治療標的データベース
治療標的データベース(英: Therapeutic Target Database、TTD)は、中国浙江大学のInnovative Drug Research and Bioinformatics Group (IDRB)とシンガポール国立大学のBioinformatics and Drug Design Groupによって構築された医薬品および医療関連のリポジトリである[1]。これは、既知および探索された治療上のタンパク質や核酸の標的[2]、標的疾患[3]、経路情報[4]、およびこれらの標的に対応する薬物に関する情報を提供する[5]。標的機能、配列、立体構造、リガンド結合特性、酵素の命名法と薬物構造、治療クラス、および臨床開発状況などの詳細な知識が得られる[6]。TTDは、http://db.idrblab.net/ttd/ からログイン不要で自由にアクセスできる。
内容 | |
---|---|
説明 | 治療標的データベース |
コンタクト | |
研究所 |
Innovative Drug Research and Bioinformatics Group (IDRB) Bioinformatics and Drug Design Group (BIDD) |
主要引用 | PMID 31691823 |
公開日 | 2019年11月11日 |
アクセス | |
ウェブサイト | http://db.idrblab.net/ttd/ |
ツール | |
その他 | |
ライセンス | Free access |
バージョン | 7.1.01 |
TTDデータベースの統計
編集このデータベースには現在、3,419の治療標的(成功461件、臨床試験1,191件、特許207件、研究標的1,560件)と37,316の薬物(承認2,649件、臨床試験9,465件、特許5,059件、実験薬20,143件)が登録されている。TTDの標的と薬物は、それぞれ583のタンパク質生化学クラスと958の薬物治療クラスをカバーしている[1]。TTDでは、WHOが発表している国際疾病分類(ICD-11)の最新版コードを採用しており、疾患/疾患分類の明確な定義を容易にしている[7]。
一次治療ターゲットバリデーション
編集ターゲットバリデーション(英: target validation、TV)では通常、標的が疾患関連の細胞/組織で発現していること[8]、生化学的アッセイにおいて十分な効力を持つ薬物または薬物様分子によって直接修飾できること[9]、および細胞や動物モデルにおいて標的修飾が関連する疾患の表現型を改善していることを決定する必要がある[10]。そのためTTDでは、3種類のターゲットバリデーションデータを収集する[11]。
標的の変異と発現プロファイル
編集標的治療薬の発見、調査、および臨床モニタリングに多大な努力がなされてきた[12]。これらの活動は、治療標的の遺伝的[13]、プロテオミクス的[14]、相互作用的および他の側面への簡便なアクセスによって促進されうる[15]。関連データはTTDで提供されている[5]。
臨床試験と特許保護標的
編集タンパク質、核酸、その他の分子実体が治療標的として探索されており、その数は数百にのぼり、承認された医薬品、臨床試験薬、特許を取得した薬物の標的となっている[21]。これらの標的とそれに対応する薬物、特に臨床用途、治験、特許取得済みの薬物についての知識は、創薬を促進するのに非常に有用である[22]。提供されたTTDの最新版は次のとおりである[1]。
標的制御因子とシグナル伝達経路
編集治療標的や初期薬物候補に関する知識は、創薬の改善に役立つ[27]。特に、標的制御因子や関連するシグナル伝達経路のデータは、創薬可能性[28]、システム薬理学[29]、新規トレンド、分子的展望[19]、および創薬ツールの開発などの研究を容易にすることができる[30]。このような情報を提供するために[31]、TTDでは、いくつかの輸送体のデータベースを提供している[1]。
脚注
編集- ^ a b c d Wang, Yunxia; Zhang, Song; Li, Fengcheng; Zhou, Ying; Zhang, Ying; Wang, Zhengwen; Zhang, Runyuan; Zhu, Jiang et al. (2019-11-06). “Therapeutic target database 2020: enriched resource for facilitating research and early development of targeted therapeutics”. Nucleic Acids Research 48 (D1): D1031–D1041. doi:10.1093/nar/gkz981. ISSN 1362-4962. PMC 7145558. PMID 31691823 .
- ^ “The druggable genome.”. Nature Reviews Drug Discovery 1 (9): 727–30. (2002). doi:10.1038/nrd892. PMID 12209152.
- ^ “How many drug targets are there?”. Nature Reviews Drug Discovery 5 (12): 993–6. (2006). doi:10.1038/nrd2199. PMID 17139284.
- ^ “Therapeutic targets: progress of their exploration and investigation of their characteristics.”. Pharmacol. Rev. 58 (2): 259–79. (2006). doi:10.1124/pr.58.2.4. PMID 16714488 .
- ^ a b Li, Ying Hong; Yu, Chun Yan; Li, Xiao Xu; Zhang, Peng; Tang, Jing; Yang, Qingxia; Fu, Tingting; Zhang, Xiaoyu et al. (2018-01-04). “Therapeutic target database update 2018: enriched resource for facilitating bench-to-clinic research of targeted therapeutics”. Nucleic Acids Research 46 (D1): D1121–D1127. doi:10.1093/nar/gkx1076. ISSN 1362-4962. PMC 5753365. PMID 29140520 .
- ^ “Therapeutic target database update 2018: enriched resource for facilitating bench-to-clinic research of targeted therapeutics.”. Nucleic Acids Res. 46 (D1): D1121–D1127. (2018). doi:10.1093/nar/gkx1076. PMC 5753365. PMID 29140520 .
- ^ The Lancet, null (2019-06-08). “ICD-11”. Lancet 393 (10188): 2275. doi:10.1016/S0140-6736(19)31205-X. ISSN 1474-547X. PMID 31180012.
- ^ a b Lindsay, Mark A. (2003-10-01). “Target discovery”. Nature Reviews. Drug Discovery 2 (10): 831–838. doi:10.1038/nrd1202. ISSN 1474-1776. PMID 14526386.
- ^ a b Vidalin, Olivier; Muslmani, Machadiya; Estienne, Clément; Echchakir, Hamid; Abina, Amine M. (2009-10-01). “In vivo target validation using gene invalidation, RNA interference and protein functional knockout models: it is the time to combine”. Current Opinion in Pharmacology 9 (5): 669–676. doi:10.1016/j.coph.2009.06.017. ISSN 1471-4973. PMID 19646923.
- ^ a b Overall, Christopher M.; Kleifeld, Oded (2006-03-15). “Tumour microenvironment - opinion: validating matrix metalloproteinases as drug targets and anti-targets for cancer therapy”. Nature Reviews. Cancer 6 (3): 227–239. doi:10.1038/nrc1821. ISSN 1474-175X. PMID 16498445.
- ^ Zhu, Feng; Shi, Zhe; Qin, Chu; Tao, Lin; Liu, Xin; Xu, Feng; Zhang, Li; Song, Yang et al. (2012-01-01). “Therapeutic target database update 2012: a resource for facilitating target-oriented drug discovery”. Nucleic Acids Research 40 (Database issue): D1128–1136. doi:10.1093/nar/gkr797. ISSN 1362-4962. PMC 3245130. PMID 21948793 .
- ^ Munos, Bernard (2009-12-01). “Lessons from 60 years of pharmaceutical innovation”. Nature Reviews. Drug Discovery 8 (12): 959–968. doi:10.1038/nrd2961. ISSN 1474-1784. PMID 19949401.
- ^ Yang, Qingxia; Li, Bo; Tang, Jing; Cui, Xuejiao; Wang, Yunxia; Li, Xiaofeng; Hu, Jie; Chen, Yuzong et al. (2019-06-03). “Consistent gene signature of schizophrenia identified by a novel feature selection strategy from comprehensive sets of transcriptomic data”. Briefings in Bioinformatics 21 (3): 1058–1068. doi:10.1093/bib/bbz049. ISSN 1477-4054. PMID 31157371.
- ^ Tang, Jing; Fu, Jianbo; Wang, Yunxia; Luo, Yongchao; Yang, Qingxia; Li, Bo; Tu, Gao; Hong, Jiajun et al. (2019-08-01). “Simultaneous Improvement in the Precision, Accuracy, and Robustness of Label-free Proteome Quantification by Optimizing Data Manipulation Chains”. Molecular & Cellular Proteomics 18 (8): 1683–1699. doi:10.1074/mcp.RA118.001169. ISSN 1535-9484. PMC 6682996. PMID 31097671 .
- ^ Wang, Panpan; Fu, Tingting; Zhang, Xiaoyu; Yang, Fengyuan; Zheng, Guoxun; Xue, Weiwei; Chen, Yuzong; Yao, Xiaojun et al. (2017-11-01). “Differentiating physicochemical properties between NDRIs and sNRIs clinically important for the treatment of ADHD”. Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - General Subjects 1861 (11 Pt A): 2766–2777. doi:10.1016/j.bbagen.2017.07.022. ISSN 0304-4165. PMID 28757337.
- ^ Hughes, Diarmaid; Andersson, Dan I. (2015-08-01). “Evolutionary consequences of drug resistance: shared principles across diverse targets and organisms”. Nature Reviews. Genetics 16 (8): 459–471. doi:10.1038/nrg3922. ISSN 1471-0064. PMID 26149714.
- ^ Iskar, Murat; Campillos, Monica; Kuhn, Michael; Jensen, Lars Juhl; van Noort, Vera; Bork, Peer (2010-09-09). “Drug-induced regulation of target expression”. PLOS Computational Biology 6 (9): e1000925. Bibcode: 2010PLSCB...6E0925I. doi:10.1371/journal.pcbi.1000925. ISSN 1553-7358. PMC 2936514. PMID 20838579 .
- ^ Fardid, Reza; Najafi, Masoud; Salajegheh, Ashkan; Kazemi, Elahe; Rezaeyan, Abolhasan (2017-01-01). “Radiation-induced non-targeted effect in vivo: Evaluation of cyclooygenase-2 and endothelin-1 gene expression in rat heart tissues”. Journal of Cancer Research and Therapeutics 13 (1): 51–55. doi:10.4103/0973-1482.203601. ISSN 1998-4138. PMID 28508833.
- ^ a b Jia, Jia; Zhu, Feng; Ma, Xiaohua; Cao, Zhiwei; Cao, Zhiwei W.; Li, Yixue; Li, Yixue X.; Chen, Yu Zong (2009-02-01). “Mechanisms of drug combinations: interaction and network perspectives”. Nature Reviews. Drug Discovery 8 (2): 111–128. doi:10.1038/nrd2683. ISSN 1474-1784. PMID 19180105.
- ^ Tao, Lin; Zhu, Feng; Xu, Feng; Chen, Zhe; Jiang, Yu Yang; Chen, Yu Zong (2015-12-01). “Co-targeting cancer drug escape pathways confers clinical advantage for multi-target anticancer drugs”. Pharmacological Research 102: 123–131. doi:10.1016/j.phrs.2015.09.019. ISSN 1096-1186. PMID 26438971.
- ^ Ohlstein, E. H.; Ruffolo, R. R.; Elliott, J. D. (2000). “Drug discovery in the next millennium”. Annual Review of Pharmacology and Toxicology 40: 177–191. doi:10.1146/annurev.pharmtox.40.1.177. ISSN 0362-1642. PMID 10836132.
- ^ Edwards, Aled (2009). “Large-scale structural biology of the human proteome”. Annual Review of Biochemistry 78: 541–568. doi:10.1146/annurev.biochem.78.070907.103305. ISSN 1545-4509. PMID 19489729.
- ^ Rask-Andersen, Mathias; Masuram, Surendar; Schiöth, Helgi B. (2014). “The druggable genome: Evaluation of drug targets in clinical trials suggests major shifts in molecular class and indication”. Annual Review of Pharmacology and Toxicology 54: 9–26. doi:10.1146/annurev-pharmtox-011613-135943. ISSN 1545-4304. PMID 24016212.
- ^ Arnold, D.; Lueza, B.; Douillard, J.-Y.; Peeters, M.; Lenz, H.-J.; Venook, A.; Heinemann, V.; Van Cutsem, E. et al. (2017-08-01). “Prognostic and predictive value of primary tumour side in patients with RAS wild-type metastatic colorectal cancer treated with chemotherapy and EGFR directed antibodies in six randomized trials”. Annals of Oncology 28 (8): 1713–1729. doi:10.1093/annonc/mdx175. ISSN 1569-8041. PMC 6246616. PMID 28407110 .
- ^ Shaabani, Shabnam; Huizinga, Harmen P. S.; Butera, Roberto; Kouchi, Ariana; Guzik, Katarzyna; Magiera-Mularz, Katarzyna; Holak, Tad A.; Dömling, Alexander (2018-09-01). “A patent review on PD-1/PD-L1 antagonists: small molecules, peptides, and macrocycles (2015-2018)”. Expert Opinion on Therapeutic Patents 28 (9): 665–678. doi:10.1080/13543776.2018.1512706. ISSN 1744-7674. PMC 6323140. PMID 30107136 .
- ^ Grandjean, Nicolas; Charpiot, Brigitte; Pena, Carlos Andres; Peitsch, Manuel C. (2005). “Competitive intelligence and patent analysis in drug discovery”. Drug Discovery Today: Technologies 2 (3): 211–215. doi:10.1016/j.ddtec.2005.08.007. ISSN 1740-6749. PMID 24981938.
- ^ Santos, Rita; Ursu, Oleg; Gaulton, Anna; Bento, A. Patrícia; Donadi, Ramesh S.; Bologa, Cristian G.; Karlsson, Anneli; Al-Lazikani, Bissan et al. (2017-01-01). “A comprehensive map of molecular drug targets”. Nature Reviews. Drug Discovery 16 (1): 19–34. doi:10.1038/nrd.2016.230. ISSN 1474-1784. PMC 6314433. PMID 27910877 .
- ^ Finan, Chris; Gaulton, Anna; Kruger, Felix A.; Lumbers, R. Thomas; Shah, Tina; Engmann, Jorgen; Galver, Luana; Kelley, Ryan et al. (2017-03-29). “The druggable genome and support for target identification and validation in drug development”. Science Translational Medicine 9 (383): eaag1166. doi:10.1126/scitranslmed.aag1166. ISSN 1946-6242. PMC 6321762. PMID 28356508 .
- ^ Zhao, Shan; Iyengar, Ravi (2012). “Systems pharmacology: network analysis to identify multiscale mechanisms of drug action”. Annual Review of Pharmacology and Toxicology 52: 505–521. doi:10.1146/annurev-pharmtox-010611-134520. ISSN 1545-4304. PMC 3619403. PMID 22235860 .
- ^ a b Csermely, Péter; Agoston, Vilmos; Pongor, Sándor (2005-04-01). “The efficiency of multi-target drugs: the network approach might help drug design”. Trends in Pharmacological Sciences 26 (4): 178–182. arXiv:q-bio/0412045. doi:10.1016/j.tips.2005.02.007. ISSN 0165-6147. PMID 15808341.
- ^ Yin, Jiayi; Sun, Wen; Li, Fengcheng; Hong, Jiajun; Li, Xiaoxu; Zhou, Ying; Lu, Yinjing; Liu, Mengzhi et al. (2019-09-09). “VARIDT 1.0: variability of drug transporter database”. Nucleic Acids Research 48 (D1): D1042–D1050. doi:10.1093/nar/gkz779. ISSN 1362-4962. PMC 6943059. PMID 31495872 .
- ^ Rukov, Jakob Lewin; Shomron, Noam (2011-08-01). “MicroRNA pharmacogenomics: post-transcriptional regulation of drug response”. Trends in Molecular Medicine 17 (8): 412–423. doi:10.1016/j.molmed.2011.04.003. ISSN 1471-499X. PMID 21652264.
- ^ Heguy, A.; Stewart, A. A.; Haley, J. D.; Smith, D. E.; Foulkes, J. G. (1995). “Gene expression as a target for new drug discovery”. Gene Expression 4 (6): 337–344. ISSN 1052-2166. PMC 6134365. PMID 7549465 .
- ^ Hopkins, Andrew L. (2008-11-01). “Network pharmacology: the next paradigm in drug discovery”. Nature Chemical Biology 4 (11): 682–690. doi:10.1038/nchembio.118. ISSN 1552-4469. PMID 18936753.
- ^ Kanehisa, Minoru; Furumichi, Miho; Tanabe, Mao; Sato, Yoko; Morishima, Kanae (2017-01-04). “KEGG: new perspectives on genomes, pathways, diseases and drugs”. Nucleic Acids Research 45 (D1): D353–D361. doi:10.1093/nar/gkw1092. ISSN 1362-4962. PMC 5210567. PMID 27899662 .
- ^ Pon, Allison; Jewison, Timothy; Su, Yilu; Liang, Yongjie; Knox, Craig; Maciejewski, Adam; Wilson, Michael; Wishart, David S. (2015-07-01). “Pathways with PathWhiz”. Nucleic Acids Research 43 (W1): W552–559. doi:10.1093/nar/gkv399. ISSN 1362-4962. PMC 4489271. PMID 25934797 .